Tiếp nối những sự kiện của tập đầu tiên, Dr. Stone tập 2 đẩy câu chuyện sinh tồn hậu tận thế lên một tầm cao mới. Sau khi hồi sinh thành công người bạn thân Taiju, thiên tài khoa học Senku Ishigami phải đối mặt với một quyết định quan trọng: ai sẽ là người tiếp theo được giải thoát khỏi lớp đá để cùng xây dựng lại nền văn minh? Lựa chọn của họ rơi vào Tsukasa Shishio, "học sinh trung học mạnh nhất". Sự xuất hiện của Tsukasa ban đầu là một lợi thế lớn, nhưng nhanh chóng bộc lộ một xung đột ý thức hệ sâu sắc. Trong khi Senku mong muốn dùng khoa học để cứu tất cả mọi người, Tsukasa lại có một kế hoạch khác: tạo ra một thế giới mới chỉ dành cho những người trẻ tuổi, trong sạch, bằng cách phá hủ...Xem thêm